与风冷电主轴不同，这种主轴使用水来减少生产过程中产生的热量。基本上，水冷电主轴使用一种导热形式将热量从零件吸到循环水中。

    热水随后被转移到接收室，在此它代替了冷水。通过这种热传导方式，制造商可以工作更长的时间，而不必担心主轴过热。除此之外，与风冷电主轴不同，水冷却主轴不会搅拌或将灰尘或碎屑转移到机器的其他部件。

    冷却管的进水口通常位于主轴的后部，主要有两个原因–便于移动和美观。此外，大多数水冷电主轴端口将接受内径为0.25英寸，外径为0.375英寸的冷却管。

    更重要的是水冷式主轴的运行噪音小，因此，制造商在生产期间不使用耳机。实际上，水冷电主轴的噪声发射是如此之低，以至于它们实际上比铣刨机本身更安静。